โรงเรียนวัดเนกขัมมาราม ดำเนินการขับเคลื่อนพัฒนาสถานศึกษา ในด้านคุณธรรมจริยธรรม ด้วยรูปแบบ การบริหารจัดการสถานศึกษา SPIRITUAL SCHOOL ในการดำเนินการส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรม และทักษะในศตวรรษที่ ๒๑ โดยกำหนดตัวแบบ หรือโมเดลจากการพัฒนาต่อยอดจาก SPIRIT SCHOOL เป็นรูปแบบในชื่อว่า SPIRITUAL SCHOOL ซึ่งเป็น Best Practice ในด้านการบริหารงานของ โรงเรียนวัดเนกขัมมาราม และกำหนดเป็นตัวแบบการบริหารงาน และใช้ตัวแบบดังกล่าวสร้างเป็นวัฒนธรรมการบริหารงานในโรงเรียนวัดเนกขัมมาราม ขับเคลื่อนบูรณาการเชื่อมโยง SPIRITUAL SCHOOL ลงสู่กระบวนการจัดการเรียนการสอน โดยน้อมนำพระบรมราโชวาทในรัชกาลที่ ๙ ที่ทรงให้ยึดหลัก"มุ่งส่งเสริมคนดี" และในพระบรมราโชบายด้านการศึกษาในรัชกาลที่ ๑๐ ที่ทรงเน้นด้านความเป็น "มีพื้นฐานชีวิตที่มั่นคง มีคุณธรรม " จากเรื่องดังกล่าวจึงได้น้อมนำสืบสาน พระราชปณิธาน สร้างการบริหารจัดการสถานศึกษา SPIRITUAL SCHOOL ในการดำเนินการส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรม และทักษะในศตวรรษที่ ๒๑ ทั้งในและภายนอกสถานศึกษา ซึ่งนำไปสู่การพัฒนาและปรับเปลี่ยนเป็นพฤติกรรมที่พึงประสงค์ได้อย่างยั่งยืนและนำไปขยายเครือข่ายได้ การดำเนินงานโรงเรียนโดยใช้กระบวนการ PDCA เป็นการขับเคลื่อน SPIRITUAL SCHOOL ลงสู่การปฏิบัติอย่างเป็นรูปธรรม โรงเรียนวัดเนกขัมมารามเป็นโรงเรียนขนาดกลาง มีนักเรียนจำนวน ๑๒๐ คน ที่มีพื้นฐานมาจากครอบครัวที่แตกต่าง อีกทั้งเป็นโรงเรียนพหุวัฒนธรรม เช่น ศาสนา เชื้อชาติ ความเป็นอยู่ เป็นต้น และเพื่อให้ทุกคนอยู่ร่วมกันในสังคมได้อย่างเข้าใจและโดยสันติสุข จึงถือเป็นหน้าที่ที่ทางผู้บริหารสถานศึกษา ครูและผู้ที่เกี่ยวข้องในการจัดการศึกษาเพื่อสร้างให้นักเรียนมีคุณธรรม จริยธรรมนำตนเอง ผ่านการขับเคลื่อน โดยใช้เทคนิคการบริหาร SPIRITUAL SCHOOL เพื่อนำสถานศึกษาสู่ ๑ โรงเรียน ๑ นวัตกรรม
โดยนวัตกรรมการบริหารจัดการสถานศึกษา SPIRITUAL SCHOOL ในการดำเนินการส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรม และทักษะในศตวรรษที่ ๒๑ มีจุดเด่นที่ครอบคลุมกระบวนการจัดการเรียนการสอนทั้งต่อผู้เรียน ครู ผู้บริหารสถานศึกษา ชุมชน ตลอดจนเป็นที่ยอมรับในสังคมและสามารถเป็นแบบอย่างที่ดีในการพัฒนาสถานศึกษา ดังนี้
ด้านผู้เรียน
- ผู้เรียนได้พัฒนาตนเองอย่างเต็มศักยภาพ จนได้รับรางวัลต่าง ๆ มากมายจากการเรียนรู้และลงมือปฏิบัติด้วยตนเอง กระบวนการคิดวิเคราะห์ ในกิจกรรมของนักเรียน เช่น กิจกรรมหิ้วปิ่นโตเข้าวัด ทั้งการแข่งขันประกวดระดับโรงเรียน กลุ่มเครือข่าย ระดับเขตพื้นที่การศึกษา
ด้านครูผู้สอน
-ครูเกิดกระบวนการการแลกเปลี่ยนการเรียนรู้ร่วมกันตามแนวทางชุมชนแห่งการเรียนรู้ทางวิชาชีพPLC ระหว่างครูผู้สอน ชุมชน ทำให้ครูสามารถพัฒนารูปแบบการจัดการเรียนรู้ที่หลากหลาย และเหมาะสมกับความแตกต่างระหว่างบุคคลของผู้เรียน และเพิ่มศักยภาพในการจัดการเรียนการสอนได้อย่างมีประสิทธิภาพ
- ครูเกิดการพัฒนาตนเอง สามารถสร้างผลงานจนเป็นที่ยอมรับ ประจักษ์ และเป็นแบบอย่างที่ดีได้
นำไปสู่การนำเสนอผลงานทั้งภายในและนอกสถานศึกษาสถานศึกษาจนได้รับรางวัลต่าง ๆ หลากรายรายการ
ด้านผู้บริหารและสถานศึกษา
- โรงเรียนวัดเนกขัมมาราม โล่รางวัล โรงเรียนที่มีวิธีปฏิบัติที่เป็นเลิศ(Best Practices) ระดับยอดเยี่ยม ตามจุดเน้นที่ 6 การพัฒนาคุณธรรมจริยธรรมและทักษะในศตวรรษที่ ๒๑ ของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปทุมธานี เขต ๑
- ได้รับการยกระดับรับรองคุณภาพเป็น โรงเรียนคุณธรรม สพฐ. ระดับ ๓ ดาว ประจำปีการศึกษา ๒๕๖๖ ตามกิจกรรมโรงเรียนดีต้องมีที่ยืน โครงการโรงเรียนคุณธรรม สพฐ. ของกลุ่มพื้นที่การศึกษา ประจำเขตตรวจราชการที่ ๒
- รางวัลยกย่องเชิดชูเกียรติในฐานะผู้อำนวยการสถานศึกษาดีเด่น นายอภิชาติ ลำภูพินิจพงศ์ ประจำปีพุทธศักราช ๒๕๖๕ สภาผู้ปกครองและครูแห่งประเทศไทย
ด้านชุมชน
- กิจกรรมของนักเรียนโรงเรียนวัดเนกขัมมาราม ได้รับการยอมรับ และขอความร่วมมือยังชุมชน เช่น กิจกรรมจิตอาสาพัฒนาวัดเนกขัมมาราม กิจกรรมเปิดบ้านวิชาการ(Open House) ทอดผ้าป่าเพื่อการศึกษา ฯลฯ
- ผู้ปกครองนักเรียนมีความพึงพอใจในการบริหารจัดการของโรงเรียนวัดเนกขัมมาราม